Com o fim do regime indireto, o SIFIDE Direto assume, a partir de 2026, um papel ainda mais central enquanto principal instrumento fiscal de apoio à I&D empresarial. O seu enquadramento permanece prorrogado até ao período de tributação de 2026, no âmbito de um regime que antecede uma eventual revisão estrutural mais ampla do sistema de incentivos fiscais à I&D.

É importante, no entanto, sublinhar que “mais central” não significa “sem alterações”. O mesmo decreto-lei introduz um conjunto de mudanças operacionais ao regime direto que as empresas devem incorporar já no planeamento das candidaturas a partir do período de tributação de 2026:

• Regra de grupo no RETGS: para empresas em regime especial de tributação de grupos de sociedades, a taxa incremental, o limite e a majoração passam a aplicar-se ao acréscimo da soma das despesas de todas as sociedades do grupo e não empresa a empresa. Esta regra aplica-se aos períodos de tributação iniciados a partir de 1 de janeiro de 2026 – não é retroativa a candidaturas de 2025.

• Regra de não cumulação: as empresas deixam de poder beneficiar da dedução direta relativamente a despesas que sejam, direta ou indiretamente, financiadas por Fundos SIFIDE ou por outros apoios públicos nacionais ou internacionais, evitando assim uma potencial dupla dedução do mesmo investimento.

• Obrigação de comunicação sequencial: quando há participação no capital de instituições de investigação e desenvolvimento, a entidade participante deve informar a empresa participada, até ao final do mês seguinte à entrega da declaração de IRC, de que esta beneficia do SIFIDE II. A ausência desta comunicação determina, também aqui, a impossibilidade de dedução.

• Novo reporte de acompanhamento pós-aprovação: as empresas beneficiárias passam a comprometer-se a comunicar anualmente à Agência para a Investigação e Inovação, E.P.E. (AI², anterior ANI), no prazo de dois meses após o encerramento de cada exercício, os resultados das atividades apoiadas – durante os cinco anos seguintes à aprovação do incentivo.

• Procedimento específico para a majoração de conceção ecológica: a majoração das despesas de I&D associadas a projetos de conceção ecológica de produtos passa a seguir um procedimento próprio – candidatura à AI² com os elementos que comprovem essa natureza, remessa à Agência Portuguesa do Ambiente (APA) nos 15 dias úteis seguintes ao termo do prazo de submissão e parecer vinculativo da APA até 15 de novembro que condiciona a aplicação da majoração.

• Clarificação da responsabilidade dos contabilistas certificados: a validação técnica das aplicações relevantes é competência exclusiva da AI², não podendo ser imputada aos contabilistas certificados qualquer responsabilidade declarativa sobre a correspondência das despesas com atividades de I&D – mesmo quando a AI² solicite declaração destes profissionais sobre a existência e regularidade contabilística das despesas.

A implicação estratégica é clara: com o desaparecimento da via indireta, o SIFIDE Direto deixa de ser uma alternativa entre várias e passa a constituir o pilar central da estratégia fiscal das empresas inovadoras. Mas esse reforço de protagonismo vem acompanhado de um reforço equivalente das obrigações de documentação, comunicação e acompanhamento – não de uma simples continuidade do regime anterior.